手游版权问题的解决方式主要有以下几种：

调解：

根据《著作权法》第五十四条第一款，著作权纠纷可以通过调解解决。调解是在自愿和互相谅解的基础上达成协议的一种方式。如果调解失败，当事人可以向人民法院提起诉讼。

仲裁：

当事人可以根据书面仲裁协议或著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁具有最终的法律效力，仲裁裁决不履行时，另一方可以提起诉讼。

诉讼：

当版权纠纷无法通过调解或仲裁解决时，当事人可以向人民法院提起诉讼，要求判决侵权方承担相应的法律责任。

收集证据：

在发现侵权行为时，首先要收集相关证据，如侵权游戏的截图、侵权内容的链接等，以便在维权过程中提供。

联系版权方：

将收集到的证据提交给原作者或版权方，让他们了解侵权情况并采取相应措施。

投诉举报：

向相关平台或监管部门投诉举报侵权游戏，要求其下架并赔偿损失。

寻求法律援助：

如果侵权问题严重，可以请律师协助起诉侵权方，通过法律途径维护自己的权益。

保持混淆：

虽然打混淆包可以防止反编译，但这仍然可能涉及侵犯对方的知识产权。因此，建议通过合法途径进行游戏开发和发布，避免侵权行为。

网络平台责任：

在网络平台侵权案件中，法院会根据侵权行为的情节判决网络平台承担相应的责任。

刑事处罚：

对于以营利为目的的严重侵权行为，侵权人可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

综上所述，解决手游版权问题需要根据具体情况选择合适的解决方式，并确保在整个过程中遵守相关法律法规，以维护自身合法权益。