手游侵权的处理方式主要有以下几种：

民事赔偿

即使侵犯游戏版权的行为没有构成犯罪，在游戏版权已经申请了著作权登记的情况下，权利人仍可以要求侵权方承担民事赔偿责任。赔偿金额通常根据权利人的实际损失或侵权人的违法所得来确定，同时包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。

行政处罚

著作权登记中心可以对侵权方进行行政处罚，例如没收违法所得或罚款。

刑事责任

游戏侵权涉嫌构成侵犯著作权罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百一十七条，以营利为目的的侵权行为，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

证据保全和诉讼禁令

权利人应保持好相关证据，及时向法院进行起诉处理。在起诉前，权利人可以向有管辖权的法院申请诉讼禁令，请求被告停止继续运营涉案游戏。同时，及时采取公证或其他方式进行证据保全，以固定证据。

行政查处

著作权人可以向相关的知识产权执法部门报案，提供详细的侵权证据。执法部门会进行调查，确认侵权行为成立后，会责令侵权方停止侵权行为，删除侵权内容，销毁侵权设备等。

综上所述，手游侵权的处理方式包括民事赔偿、行政处罚、刑事责任、证据保全和诉讼禁令以及行政查处。具体采取哪种方式，取决于侵权行为的性质、情节以及造成的损失等因素。建议权利人在发现侵权行为后，及时采取法律手段维护自己的合法权益。